OPTIMIZACIÓN DE UNA PCR EN TIEMPO REAL (qPCR) PARA LA DETECCIÓN Y CUANTIFICACIÓN DE Herpes Virus Asociado a Sarcoma de Kaposi (KSHV)

Resumen

El Herpes Virus Asociado al Sarcoma de Kaposi es causante de tres
importantes patologías asociadas al SIDA, que en los últimos años han desencadenado importantes epidemias, siendo un objetivo primordial contar con técnicas altamente sensibles y específicas para su detección y cuantificación, por tal razón nos enfocamos en optimizar una metodología molecular, la PCR en tiempo real (qPCR) donde
me permita evaluar controles positivos para monitorear el diagnostico confiable y oportuno, en el presente estudio
se evaluó dos controles, una línea celular BCBL-1 infectada con KSHV
y un Plásmido con un Inserto de 330 pb del ORF26 del KSHV por medio de una qPCR con sondas taqman en dos sistemas diferentes de detección (FAMTAMRRA y FAM-MGB), se optimizo cada reacción y se realizó una comparación de la eficiencia donde se eligió la mejor para luego realizar una curva de calibración que me permita detectar
con alta sensibilidad y cuantificar el KSHV, obteniendo como resultado
dos controles positivos; la línea celular BCBL-1 a una concentración de 2,8 x 106 copias/ μL (cop/μL) y un plásmido con una concentración de 6,93 x 109 cop/μL de KSHV, se obtuvo la optimización de las reacciones en ambos sistemas de sonda la cual presento mejor desempeño la sonda con marcación FAM-MGB con un 98% de eficiencia comparado con un 96% de eficiencia en el sistema FAM-TAMRRA, la curva de calibración se realizó con el sistema FAM-MGB presentando una sensibilidad de 1 copia total de genoma viral y un rango reportable desde 106 copias
hasta 1 copia con una eficiencia de reacción de 99%.